组合魔法发动方法为队伍中有2名同伴分别寄宿有特定属性的2种五行上位纹章，这样在其中一个人选择魔法时便会出现组合魔法的选项。和前几作区别比较大的是，本作中组合魔法也分为4个等级，2名使用者分别消耗1点相应等级的MP，当然不同等级的威力也不一样。另外本作中下位五行纹章不再享有组合魔法，只有烈火、雷鸣、流水、旋风、大地这5种上位纹章之间才可以组合。（大概是因为本作里上位五行纹章都比较容易获得吧）

组合原理如下：

至于效果，5种组合的各等级魔法都是完全相同的，只不过不同的组合魔法会给敌人附加一些不同的异常状态（由参与组合的2种属性而定，火：炎上；雷：スタン；水：氷結；风：眠り；土：アンバランス），另外“焦土”对空飞型敌人无效。

另外，本作还新增了一种究级组合魔法，那就是男女主角所持有的黎明之纹章和黄昏之纹章的组合，也同样分为4个等级，效果非常强悍。但是女主角得到黄昏之纹章时已经是游戏末尾，所以此组合魔法只能用作最后的杀手锏了。