LP是游戏中最重要的一项数值，可以在对话框的右边看见其增减状况，关系到某些选项能否选择，如果没有达到要求的LP值的话，某些需要一定LP值的选项便无法选择，另外当选择了这些需要LP值的选项以后，LP也会扣除相应数量。比如Episode3的里篇，如果LP没有达到最高值10的话，便无法进入此篇，而进入此篇后LP也会减到0。

秘密、人气、仲间是游戏中隐含的3项数值，无法看见其增减状况，这3项数值关系到某些选项能否出现，以及通关后能否获得某些特殊CG，如果没有达到要求的数值的话，某些需要一定数值的选项便不会出现，通关时没有达到要求的数值的话，某些特殊CG便无法在通关以后获得。这3项数值会根据选项的不同而有增减，但是在选择了需要一定数值才会出现的选项以后，是不会像LP那样扣除相应数值的。

游戏中的大部分选项都受这种种因素的制约，使得玩家在对待对话中出现的选项时必须谨慎行事，而且必须要有取舍性，因为游戏最大的玩点就是收集精美的CG，而这些CG由于选项的原因，很多时候都是不可兼得的。通关一遍后标题画面会增加画廊模式，玩家在游戏中得到的CG图片全部会收录在里面，所以，想要达成100%CG收集，就需要反复通关数遍才行。

游戏可以继承幻想水浒传2的通关纪录，而幻想水浒传2的纪录有没有继承幻想水浒传1的通关纪录也会出现不同。所谓的不同指的是在游戏中能否出现某些前代的人物以及他们的情节，同时也严重关系到之后的幻想水浒外传Vol.2能否达到完美。

本作有3种结局，分别为BAD ENDING、NORMAL ENDING、BEST ENDING，无论进入哪种结局，都会出现画廊模式。